养殖废水中富含大量的病原体，是一种浓度极高的有机废水，直排过程中，未经过任何处理的污水进入水体或存放地点，都是极为不合适的，若是受到雨水的冲洗进入水体，有很大可能造成地表水或地下水水质的严重恶化。另一方面，畜禽粪尿的淋溶性很强，粪尿中的氮、磷及水溶性等有机物的淋溶量很大，不妥善处理，就会通过地表径流和渗滤进入地下水层污染地下水，造成不可挽回的损失或是更大的污染。

养殖废水对地表水的不良影响主要有以下几个方面：

1、在大量的富含有机物质的污水进入水体后，有机物的分解会导致大量的水中溶解氧的消耗，水质会发生恶性的质变，进而致使水体发臭；

2、当水体中的溶解氧大幅度下降后，残余的大量有机物质将会继续在厌氧条件下分解反应，这一系列的过程中将会产生甲烷、硫化氢等有毒气体，使得水质急剧下降，水体环境不再适合水生生物的生存，水生生物大量死亡；

3、养殖废水中含有大量悬浮物，这些悬浮物可使水体浑浊，降低水中藻类的光合作用，大幅度限制水体的自然恢复能力，限制水生生物的正常活动，使对有机物污染敏感的水生生物逐渐死亡，从而进一步加剧水体底部缺氧，使水体同化能力降低；

4、氮、磷可使水体富营养化，富营养化的结果会使水体中硝酸盐和亚硝酸盐浓度过高，人畜若长期饮用会引起中毒，而一些有毒藻类的生长与大量繁殖会排放大量毒素于水体中，导致水生动物的大量死亡，从而严重地破坏了水体生态平衡；

5、更为严重的是，众所周知，家畜、家禽总是附带很多的病菌、病毒，其粪尿中的一些病菌、病毒等都是极有可能成为疾病的根源，随水流动可能导致某些流行病的传播等。

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